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Nature Genetics文章:揭示汉族人2个先心病易感位点

日期:2019/05/22  来源:新葡萄京娱乐场官方网站

  先天性心脏畸形是一种最常见的先天性出生缺陷,是婴儿死亡的主要原因。先天心脏畸形研究揭示了多属于单基因遗传的综合征型先天性心脏畸形,流行病学研究表明,这只占先天性心脏畸形病例的25%,其余均为散发性的非综合征型。然而对散发性先天心脏畸形病例的低外显率易感性基因仍知之甚少。在这项研究中,研究人员进行了多阶段的研究鉴别汉族人群散发性非综合征型先天性心脏畸形相关的易感基因。相关成果发表在7月的《Nature Genetics》杂志上。南京医科大学公共卫生学院沈洪兵教授、第一附属医院的陈亦江教授、公共卫生学院周作民教授和胡志斌教授为这篇论文的共同通讯编辑。

  研究人员针对总共4,225个先天性心脏畸形病例和5,112名非先天性心脏畸形对照人群开展了多阶段GWAS分析。首先在全基因组关联分析阶段,运用高密度的Illumina Omni Zhonghua芯片分别对945例散发性先心病和1,246例对照样品,进行全基因组分型检测。然后对发现阶段筛选的8个关联SNP位点进行TaqMan SNP基因分型技术验证(包括2,160例患者和3,866例对照)。最终鉴别出染色体1p12上靠近TBX15的rs2474937,以及染色体4q31.1上MAML3 基因中的rs1531070具有显著相关性。这一发现对于解析散发性先天性心脏病发生发展的分子机理,从而为风险预测、早期预防和个体化治疗具有重要意义。本研究SNP验证工作北京新葡萄京娱乐场官方网站生物技术有限企业完成。


原文摘要:

        A genome-wide association study identifies two risk loci for congenital heart malformations in Han Chinese populations
        Congenital heart malformation (CHM) is the most common form of congenital human birth anomaly and is the leading cause of infant mortality. Although some causative genes have been identified, little progress has been made in identifying genes in which low-penetrance susceptibility variants occur in the majority of sporadic CHM cases. To identify common genetic variants associated with sporadic non-syndromic CHM in Han Chinese populations, we performed a multistage genome-wide association study (GWAS) in a total of 4,225 CHM cases and 5,112 non-CHM controls. The GWAS stage included 945 cases and 1,246 controls and was followed by 2-stage validation with 2,160 cases and 3,866 controls. The combined analyses identified significant associations (P < 5.0 × 10?8) at 1p12 (rs2474937 near TBX15; odds ratio (OR) = 1.40; P = 8.44 × 10?10) and 4q31.1 (rs1531070 in MAML3; OR = 1.40; P = 4.99 × 10?12). These results extend current knowledge of genetic contributions to CHM in Han Chinese populations.

原文出处:http://www.nature.com/ng/journal/v45/n7/abs/ng.2636.html

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