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检测产品-SNP分型检测服务

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         单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP),主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性,是普遍存在于生物基因组中的一种新型分子标记。

      新葡萄京娱乐场官方网站基于自主研发的微流控SNP芯片检测系统,提供全面的SNP/InDel分型检测工作,包括从标记开发到批量样本的分型检测/验证。适用于功能基因精细定位、标记辅助选择育种、种子质量控制等应用方向。

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检测原理及流程

     利用竞争性等位基因特异性PCR的原理,基于引物末端碱基的特异匹配来对SNP/InDel进行分型检测。

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技术优势

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经典案例

Identification of Wheat Gene Sr35 that Confers Resistance to Ug99 Stem Rust Race Group

 

       Sr35是之前在一粒小麦(Triticummonococcum)中确定的含抗杆锈病基因的QTL,该QTL3Am染色体的长臂,长度大约是2.2-3.1cM1cM大约是100万对碱基的长度)。在该QTL内,进行7个分子标记(ssr等)的扫描,把候选基因锁定在2个分子标记之间,该区域长度大概为0.97cM;在一粒小麦的抗病品系DV92BAC文库中筛选出含此QTLBAC克隆,对含此QTL3BAC克隆进行NGS测序,长度为307,519bp,并对其中的多个基因进行生物信息学分析。对该区域进行进一步分子标记(SSR等)分析,发现其中213kb区域内的4个基因(APGG1,CNL4, CNL6 CNL9)是抗杆锈病候选基因。对不同的一粒小麦的这4个基因进行一代测序,鉴定出2个抗性单倍型和6个易感单倍型;被测序的小麦包括24种抗杆锈病的和25种杆锈病易感的。所有易感的一粒小麦的CL9基因都具有突变,其中3SNP导致编码氨基酸的序列改变。新葡萄京娱乐场官方网站

Sr35基因与物理位置 

样本要求  

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